為了達到南海和平、共享、永續之目的，
中華民國海洋學會呼籲政府藉由科技部國家研究船隊及東沙、南沙科學研究站規劃系列南海海洋暨大學科學研究，
呼應聯合國海洋永續十年行動綱領，廣邀相關之國際研究夥伴(尤其是南海四周國家)，
進行系統性之海洋物理、生地化、地質地球物理、生態與氣候環境調查與研究，
建立各領域間相互影響過程之概念模式，具體化南海環境特徵，數據化氣候暖化對環境變遷造成之影響。
希望藉此與周邊國家建立緊密合作關係，進行資料交流交換，提供國際學界長期觀察監測據點。海洋學界提出以下幾項科學研究及發展方向之行動綱領：
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物理海洋、地質、地球物理與生態環境：
- 強化環流與水文變動、海氣通量、海洋暖化與酸化等之長期觀測，進而提升南海海洋預報能力。
- 重建古海洋與極端災害記錄。
- 持續南海海洋生物多樣性研究，包括現況、衝擊和保育之調查。
- 開創南海海域珊瑚礁生態系統之長期監測。
- 大氣環境與氣候變遷：
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建立氣象雷達系統，研究南海雲雨－海氣水循環過程、熱帶季內擾動、冬季西伯利亞高壓的交互作用，及其對季風擾動及臺灣極端降雨的影響
- 提升南海大氣及海洋環境短、中期之數值預報模擬能力。
- 增進高層大氣測風、輝光影像與GNSS接收之能力。
- 建立空氣、海水品質長期監測系統，構建南海氣候環境變遷特徵。
地震與地質環境研究：
- 布建地震波寬頻衛星網路。
- 建置海嘯預警系統以監測與模擬海嘯潛勢災害。
- 調查南海地體構造演化與探勘海洋資源。
- 建構南海海溝地體構造等系統圖像。
空間地理資訊之整合：
- 精細測繪深海及大陸棚海底地形。
- 繪製南海島礁衛星影像。
- 建立地理資訊統合平臺。
- 建置海域環境時空資訊系統。
海洋學界將在既有國際合作的基礎上，廣邀國際科學家就以下大氣、氣候、全球變遷、海洋物理、海洋生物、地質與地球物理、珊瑚礁生態系統及數值預報模式建構等科學研究議題，參與合作觀測實驗與定期召開計畫成果研討會。
